Pada September 2023 CoinEx kehilangan sekitar 70 juta dolar dari hot wallet dalam kompromi private-key yang oleh investigator dikaitkan dengan Lazarus Group Korea Utara. Sebagai poin positif, CoinEx berkomitmen mengganti rugi seluruh pengguna yang terdampak secara penuh dan memulihkan deposit serta penarikan dalam sekitar dua minggu, meski membangun kembali layanan penuh membutuhkan waktu berbulan-bulan.
Bayangan yang lebih baru menghantui bursa ini. Pada Juni 2026, firma analitik TRM Labs menerbitkan laporan, diliput oleh Wall Street Journal dan CoinDesk, yang menuduh CoinEx memproses sekitar 3,84 miliar dolar yang terkait dengan lebih dari 60 entitas Iran yang dikenai sanksi AS sejak 2019, termasuk aliran dana yang terkait dengan Nobitex, bursa terbesar Iran, dan Bank Sentral Iran. CoinEx membantah kesalahan, menyatakan tidak pernah memiliki hubungan komersial dengan entitas pemerintah Iran, dan menyatakan mulai keluar dari eksposur terkait Iran setelah sanksi AS terhadap bursa Iran pada Juni 2026. Belum ada tindakan penegakan resmi terhadap CoinEx atas hal ini yang diumumkan hingga awal Juli 2026, tetapi tuduhan itu sendiri meningkatkan kemungkinan friksi perbankan dan regulasi di masa depan.