Kraken verfügt über eine ungewöhnlich tiefe Lizenzstruktur für eine Krypto-Börse. In den USA ist Payward Interactive bei FinCEN als Geldtransferdienstleister registriert und hält Geldtransfer-Lizenzen in allen 50 Bundesstaaten sowie in DC und Puerto Rico, und Kraken Financial hält eine Sonderbanklizenz (Special Purpose Depository Institution) aus Wyoming. Kraken Securities LLC ist ein bei der SEC registrierter Broker-Dealer, und US-Futures werden über einen bei der CFTC registrierten Futures Commission Merchant abgewickelt.
In Europa erhielt Payward Europe Solutions Limited im Juni 2025 von der irischen Zentralbank eine MiCA-Lizenz als Crypto Asset Service Provider, die es Kraken erlaubt, regulierte Krypto-Dienstleistungen im gesamten EWR zu passportieren. Im Vereinigten Königreich ist Payward Limited ein bei der FCA registriertes Krypto-Unternehmen, und Crypto Facilities Limited ist eine von der FCA zugelassene Investmentfirma für Derivate. Australien wird durch eine bei AUSTRAC registrierte Gesellschaft abgedeckt, Kanada durch einen bei den Wertpapieraufsichten registrierten Restricted Dealer.
Kraken ist nicht überall verfügbar. Die Börse listet verbotene Regionen, darunter Japan, Indien, die Philippinen, Russland und Iran, und hält keine Lizenz in Singapur. Wer in einem dieser Länder wohnt, für den gilt keine Kraken-Aktion.